Nell'idealismo dialettico successivo a Kant, la metafisica viene sostanzialmente identificata con la filosofia di Wolff, usata come esempio dell'intellettualismo.

Per Hegel, la propria logica, in antitesi alla logica formale, coincideva con la metafisica, sostenendo l' ipotesi  dell'identità del pensiero e dell'essere. In questo senso, la filosofia di Hegel è l'esempio classico di una metafisica dell'immanenza, con significato però contrario a quello che Kant attribuiva alla metafisica immanente, che si fondava sul principio  per cui l'essere non è riducibile al pensiero. Successivamente Feuerbach critica tanto la metafisica prekantiana quanto la metafisica immanentistica dell'idealismo, definendola " filosofia speculativa".

Comte sostiene che fra gli stadi che tutte le scienze attraversano nel loro sviluppo storico, quello metafisico è intermedio tra lo stadio primitivo o "teologico" e lo stadio "positivo" o scientifico. Per Comte, lo stadio metafisico si ha quando, agli agenti soprannaturali vengono sostituite, per spiegare i fenomeni del mondo, delle "entità astratte" ( come le idee platoniche, le sostanze e forme aristoteliche ecc), mentre l'atteggiamento scientifico consiste nel limitarsi a determinare le "leggi" dei fenomeni.